12 tahun sebelum peristiwa-peristiwa yang menjadi tumpuan dalam siri ini, seekor rubah syaitan berekor sembilan menyerang Konohagakure (Kampung Daun). Musang tersebut mengakibatkan nyawa beratus-ratus orang terkorban serta kemusnahan harta benda di kampung tersebut. Akhirnya, ketua kampung Hokage Keempat, mengorbankan dirinya untuk menewaskan raksasa terebut dan mengurung semangatnya dalam badan seorang bayi. Bayi tersebut ialah watak utama siri ini, Uzumaki Naruto.
Satu perintah dibuat oleh Hokage Ketiga supaya penduduk kampung lain tidak boleh menyuarakan hal ini lagi, walaupun kepada anak mereka. Walau demikian, penduduk kampung masih mengenepikan Naruto seperti orang luar. Walaupun anak penduduk kampung tidak memahami sebab ibu bapa mereka membenci Naruto, mereka juga melayan Naruto seperti ibu bapa mereka dengan mengikut telunjuk perbuatan ibu bapa mereka. Akibatnya, Naruto membesar sebagai seorang anak yatim piatu yang tidak mempunyai kawan dan tidak dihargai. Dia tidak boleh memaksa orang berkawan dengannya, maka dia mencari perhatian dengan satu satunya cara yang dia tahu; melalui tipu helah dan kenakalan. Keadaan ini berubah apabila dia menamatkan pengajian di Akademi Ninja dengan mengunakan Teknik Pembahagi Bayang (多重影分身の術/Kage Bunshin no Jutsu), untuk menyelamatkan gurunya, Umino Iruka, daripada Mizuki.
Naruto mengekalkan satu keseimbangan antara drama dan komedi dengan aksi yang padat. Ia mengikuti perkembangan Naruto dan kawannya sebagai ninja, persahabatan antara mereka dan pengaruh latar belakang mereka terhadap perwatakan mereka. Naruto menjumpai dua kawan rapat dan rakan seperjuangan iaitu Uchiha Sasuke dan Haruno Sakura, dua genin seumur dengan Naruto dan membentuk Pasukan 7 di bawah bimbingan seorang sensei yang bernama Hatake Kakashi.
Naruto mementingkan perkembangan watak. Hampir kesemua peristiwa yang berlaku disebabkan keputusan, watak dan personaliti, sangat sedikit peristiwa berlaku kerana kebarangkalian rawak. Pada pertamanya, perkembangan watak Naruto, Sasuke dan Sakura. Kemudian, watak lain turut diperkembangkan, seperti Kakashi, Gai, Jiraiya, dan kawan-kawan Naruto yang lain.
Beberapa watak jahat juga muncul. Pertama Orochimaru yang inginkan badan Sasuke sebagai badan barunya, kerana Orochimaru boleh menukar badan. Kedua satu kumpulan yang dikenali sebagai Akatsuki mengejar Naruto, ataupun sebenarnya, musang berekor sembilan yang terkandung dalam Naruto.
